Un organisme opérateur est désigné sur chaque site Natura 2000. Il est chargé d’assurer la concertation et de rédiger le Document d’Objectifs (DOCOB) qui précise les modalités pratiques de gestion du site.
La rédaction du Document d’Objectifs associe les acteurs concernés par le site : habitants, usagers, élus, professionnels, experts scientifiques, administrations. Elle se déroule en 3 étapes :
- établir un diagnostic : il s’agit de caractériser et de cartographier les habitats naturels et les espèces, analyser le contexte socio-économique local ;
- définir les enjeux et les objectifs : il s’agit de préciser les conditions nécessaires à la conservation, voire à la restauration des habitats et des espèces et de définir les axes possibles et souhaitables d’intervention ;
- élaborer un plan d’action : il suppose de traduire de façon opérationnelle les objectifs définis préalablement. Les actions doivent être programmées et chiffrées, les modalités de leur financement doivent être prévues. Une évaluation des actions mises en œuvre doit être réalisée au bout de 6 ans.